沙門氏菌是臺灣地區引起細菌性腸炎最主要的病菌。沙門氏菌約有二千三百多種，可分為兩大類。
第一類是會引起「腸性熱」的「傷寒沙門氏菌」和「副傷寒沙門氏菌」，造成所謂的「傷寒」及「副傷寒」，此二種目前均為法定傳染病，會引起高燒不退、腹痛、肝腫大等症狀。第二類是「非傷寒沙門氏菌」，則以引起腸炎為主，通稱「沙門氏菌腸炎」，急性或慢性均有可能，大部分會解血絲便，臨床以此類較為常見。
沙門氏菌腸炎好發於熱帶及亞熱帶地區，主要流行季節是夏天，但在臺灣卻一年四季都有病例發生，可能是氣候溫暖，季節變化不明顯之故。五歲以下兒童，特別是一歲以下的嬰幼兒及老人家，體力、抵抗力差者，或因消化性潰瘍而長期吃大量制酸劑的人，是罹病的高危險群。
傳染途徑為經口傳入，主要是吃到汙染的水或食物，如未消毒的牛奶或乳製品、未煮開的水、未煮熟的肉類或蛋等。其他如糞便汙染、使用被汙染的器具等。
沙門氏菌不僅汙染蛋殼而已，它也會侵犯蛋本身，所以，喜歡吃生蛋或半熟蛋的人容易被感染。蒼蠅也是病媒之一，如沾過病人的糞便或含沙門氏菌的雞糞，再沾到我們食用的食物上，就可能會致病。除此之外，鮮奶、魚蝦、火腿、小寵物（如小烏龜）等均是主要感染來源。
潛伏期約六至七十二小時，初始症狀會有水便、黏便、腹痛、發燒（70%以上病人會發燒）產生；嚴重者則會出現血便、腹脹、高燒不退、劇烈腹痛、甚至嘔吐。
典型的沙門氏菌腸炎糞便呈綠色，有點像綠豆湯狀，且惡臭就像臭掉的雞蛋一樣，由於沙門氏菌主要侵犯遠端的小腸和大腸，腸道黏膜受損較一般病毒性腸炎嚴重，常有血絲、黏液參雜在糞便當中，所以急性期症狀較一般腸炎嚴重，引發慢性腹瀉和營養不良的機會也比較高。
此外，沙門氏菌腸炎也易引發高燒不退（30%）。常見的併發症包括脫水和休克、壞死性腸炎、腸出血，甚至腸破裂穿孔（1～2%）。一旦腸穿孔就必須緊急開刀，否則會有生命危險。
如果病兒抵抗力不足，病菌易侵入血液後導致菌血症、敗血症（8％），除此之外還可能侵入腦膜引起腦膜炎，或造成肝膿瘍、肌肉膿瘍、骨髓炎等。通常年紀愈小，發生合併症機會愈多，嬰兒或新生兒得敗血症及腦膜炎的機會遠超過學齡前兒童。
在治療方面，一般而言，患有沙門氏菌腸炎，如果不是免疫有缺損的患者、無毒性症狀、敗血症或其他器官組織的合併症出現，只要補充足夠的水分、矯正電解質不平衡的情形、飲食清淡、給予一些症狀治療的藥物即可。
醫師多半主張不要使用抗生素，但是，一旦有這些細菌跑出腸道以外的合併症出現時，一定得用抗生素，而且治療時間較長。經過適當治療之後，高燒和腹脹等症狀會陸續改善，少數病人還會有持續的慢性腹瀉，這是因為腸道黏膜破壞較嚴重的緣故。
防治上，應注意環境的清潔與衛生，特別是家裡有飼養家禽、家畜或寵物的，應適當處理糞便或分泌物，並應多洗手，避免生食或食用未經熟煮的食物（沙門氏菌一般在攝氏55度以上一小時或60度以上15分鐘即可被殺死），飲用煮沸過的水，勿汲取使用未消毒過的水源，如井水、山泉水。
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